Le 12 janvier 1958, des officiers syriens se rendent au Caire pour discuter des modalités de l’unité. Nasser impose la centralisation du nouvel Etat, la dépolitisation de l’armée syrienne, et l’extension à la Syrie du système de parti unique en vigueur en Egypte. En Syrie, les avis sont partagés : le président Kouatly et le chef du gouvernement hésitent à remplir les conditions posées par l’Egypte. Enfin, le 31 janvier 1958, suite à l’intervention de Michel Aflak, les deux parties arrivent à un accord, et, le 1er février 1958, la République Arabe Unie, composée de la province du nord, la Syrie, et de la province du sud, l’Egypte, est officiellement proclamée. Nasser en devient le nouveau Président. Le 21 février, elle est plébiscitée par 98% des Syriens et la Syrie devient la province Nord du nouvel Etat.
Les institutions de la RAU sont installées au Caire, et les Egyptiens y occupent une place prépondérante : le 5 mars, une constitution provisoire est mise en place, décidant du fonctionnement de la RAU, dont le gouvernement, composé de quatre vice-présidents (deux syriens et deux égyptiens) et de neuf ministres, est établi au Caire. Deux Conseils exécutifs, l’un pour la Syrie et l’autre pour l’Egypte, gèrent les deux provinces. Le 12 mars 1958, tous les partis politiques de Syrie sont touchés par la dissolution décidée par Nasser. La Constitution provisoire prévoit une Union Nationale devant regrouper tous les partis politiques. Le gigantisme de cette formation et la complexité de son fonctionnement rendent le Baath très sceptique à son égard. L’amertume gagne les adhérents au parti, et surtout les militaires baathistes victimes d’une campagne d’épuration suite à laquelle 600 officiers syriens ont été envoyés en Egypte. Sur le plan social, Nasser lance en 1958 en Syrie une réforme agraire, nationalise et en 1961 nationalise le secteur de l’industrie. En Egypte également, Nasser nationalise en 1960 les banques et les transports.
A la fin de l’été 1959, un Comité Militaire Baathiste (CMB) est fondé par cinq officiers syriens en poste en Egypte : Mohammad Oumran, Salah Jédid, Hafez el Assad, Abdel Karim el-Joundi et Ahmad el-Mir. Le Baath ne sait rien de la création du comité qui comptera rapidement une quinzaine de membres. Fin décembre 1959, une campagne anti-baathiste est orchestrée par le maréchal Abdel Hakim Amer, proconsul égyptien en Syrie ; elle provoque la démission de tous les ministres baathistes.
Le 28 septembre 1961, l’expérience de la RAU prend fin suite à un coup d’Etat militaire à Damas.
