Les 23 et 24 mai s’est déroulé en Egypte le premier tour de l’élection présidentielle, avec un taux de participation de 46%. Les résultats de ce premier tour, ont été publiés le 28 mai par la commission électorale. Mohammed Morsi, le candidat des Frères musulmans, parti majoritaire à l’assemblée, est arrivé en tête avec 24,78% des voix, tandis que l’ancien Premier ministre Ahmed Chafik est arrivé en seconde position avec 23,6% de voix.
Le 3 juin, le jugement du procès de l’ancien président Hosni Moubarak a été rendu : il a été condamné à la prison à perpétuité. Des anciens responsables du régime, au nombre de 6, jugés pour leur responsabilité dans la mort d’environ 850 personnes, ont été acquittés. Ce jugement a provoqué la colère de ceux qui souhaitaient plus de fermeté, ainsi que des manifestations au Caire. Le parquet a annoncé qu’il désirait faire appel.
Le 14 juin, la Haute Cour constitutionnelle a fait invalider près d’un tiers des sièges de l’Assemblée, jugeant l’élection de ces députés contraire à la Constitution et provoquant ainsi la dissolution de la chambre élue. L’assemblée constituante, composée de 100 membres, qui avait été élue la veille par les parlementaires, est en sursis. La loi interdisant aux anciens hauts dignitaires du régime d’Hosni Moubarak d’être candidats à une élection a également été abrogée, rendant légale la candidature d’Ahmed Chafik à l’élection présidentielle.
Les 16 et 17 juin a eu lieu le second tour de l’élection présidentielle, avec un taux de participation de 35%. Les résultats officiels doivent être proclamés le 21 juin.
Le 16 juin, le parlement a été officiellement dissout par le chef du Conseil suprême des forces armées (CSFA), le maréchal Hussein Tantaoui. Le lendemain, le CSFA a promulgué un texte constitutionnel supplémentaire. Le pouvoir législatif est désormais entre les mains du CSFA ainsi que le budget de l’Etat. L’armée retrouve les pouvoirs qu’elle avait transmis au parlement, élu à l’automne 2011.
Le 18 juin, les Frères musulmans ont affirmé que leur candidat, Mohammed Morsi avait été élu avec 52% des voix tandis que les partisans d’Ahmed Chafik proclament également la victoire de leur candidat. Dans les deux camps, des accusations de fraude ont été prononcées. Les Frères musulmans rejettent la dissolution de l’Assemblée.
Le 21 juin, l’annonce du résultat du second tour de l’élection présidentielle a été reportée, en raison des plaintes pour fraudes. Les deux candidats opposés réclament toujours la victoire.